Doce años después de su victoria, Paul Atreides reina como emperador del planeta Arrakis, también llamado Dune. Pero su éxito ha llevado la guerra a todo el universo conocido. A pesar de haberse convertido en la persona más poderosa existente, Paul es incapaz de poner fin a la lucha. Los grandes intereses económicos, político y religiosos sacuden los espacios interestelares. Mientras sus antiguos aliados conspiran para destronarlo y su propia consorte actúa en su contra, Paul acepta un regalo de los tleilaxu con la esperanza de encontrar paz y amistad en medio de la traición. Pero este acto hace que pierda el apoyo de su propia gente, su verdadera fuente de poder. Perderlos podría derribar su imperio. Paul se verá obligado a elegir entre su trono, su esposa, su pueblo, su futuro... y el de todo el universo.